Amaya permet de lire et d'afficher n'importe quel document XML bien-formé.

Pour un document XML faisant référence à une DTD ou à un espace de noms non supporté (autre que XHTML, MathML et SVG), Amaya offre un support d'affichage et d'édition plus restreint. En effet, comme Amaya n'analyse pas la DTD associée, il ne peut vérifier la validité d'un tel document et n'a pas d'informations particulières sur les éléments et attributs et sur leur organisation dans le document.

Pour ces documents XML, Amaya propose une vue source, une vue structure qui reflète l'organisation du document et une vue formattée qui affiche le contenu des éléments. Sans autre indication de style, tous les éléments sont considérés comme blocs. Néanmoins, pour des raisons de lisibilité les éléments contenant au moins un fils de type "texte" sont considérés comme des inline et sont mis en ligne dans la vue formattée. Amaya permet également d'associer des feuilles de styles CSS pour ces documents par l'intermédiaire d'instructions de traitement (PI) de type xml-stylesheet.

Le support des documents XML dans Amaya est encore expérimental et aucune interface d'édition spécifique n'est disponible dans cette version. C'est pour cette raison également que ces documents sont proposés en mode "browser" uniquement. Pour modifier ces documents vous pouvez soit passer par la vue source puis utiliser la commande synchronizer, soit repasser en mode éditeur et modifier le contenu des éléments directement dans la vue formattée. Cependant comme la sauvegarde des documents XML n'est pas encore complètement stable, il est préférable d'utiliser la commande Sauver comme nouveau_nom plutôt que la commande Sauver.