Amaya vous permet ce créer de nouveaux documents locaux ou distants. Trois types de documents sont disponibles : XHTML, MathML ou SVG.

Pour créer un document, aller sur l'entrée Nouveau du menu Fichier et sélectionner le type de document désiré. Amaya vous demande alors de spécifier l'URI ou le nom local du document à créer (un nom par défaut est affecté si aucun nom n'est spécifié). Après confirmation, Amaya ouvre une nouvelle fenêtre contenant le document spécifié. Si ce document existe déjà, sa version courante est chargée sinon, Amaya créé un nouveau document contenant l'élément racine correspondant au type choisi.