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Amaya es principalmente un editor con capacidades de
navegación. Cuando es usado como navegador, se comporta como cualquier otro
navegador Web, excepto por la activación de
enlaces. En condiciones normales Amaya te permite navegar y editar
documentos simultáneamente, pero puedes cambiar este comportamiento estándar
para cada ventana de documento independientemente. El botón 
muestra que la ventana está
trabajando en modo editor: puedes editar el documento actual y navegar en esa
ventana. Apretando ese botón puedes cambiar la ventana a modo navegador. El
botón aparece entonces como 
y sólo puedes navegar y rellenar formularios. Esta
opción también está disponible desde la opción del menú Editar Modo
Editor, y a través de los atajos de teclado (por defecto el atajo es:
May+Ctrl+*).
Amaya te permite navegar y editar documentos HTML así como algunos tipos de documentos XML: XHTML, MathML y SVG. Te permite navegar por otros tipos de documentos XML, para presentar sus contenidos y aplicar las hojas de estilo CSS asociadas.
Los documentos HTML son leídos por defecto como ficheros ISO-latin-1. Si no hay ninguna información sobre el juego de caracteres en la cabecera HTTP o en el elemento META, un documento HTML es considerado como codificado en ISO-latin-1. Los documentos XML son leídos por defecto como ficheros UTF 8. Cuando no hay información sobre el juego de caracteres en la cabecera HTTP, en la declaración de XML o en el elemento META, un documento XML es considerado como codificado en UTF 8. Como el juego de caracteres por defecto es diferente para los documentos HTML y para los documentos XML, a menudo ocurre que los autores crean documentos XML ISO-latin-1 en los que no se ofrece información sobre el juego de caracteres. Tan pronto como un carácter analizado por el analizador XML no encaja con un carácter UTF 8 (puede ocurrir si el documento está codificado en ISO-latin-1 pero analizado como un fichero UTF 8) el documento es considerado como inválido: el análisis se detiene y se presenta un mensaje de error. En este caso específico, el comando "Reabrir en ISO-latin-1" se activa. Este comando te permite reabrir el documento con un juego de caracteres convertido a ISO-latin-1. El documento reabierto es considerado ahora como modificado (ha sido añadido un juego de caracteres) y puede ser guardado.
Amaya interpreta entidades de caracteres. Cuando el correspondiente carácter no está disponible, se presenta un'?' (o se presenta el valor de la entidad cuando la entidad está dentro de un valor de atributo o cuando la entidad es desconocida). Cuando se guarda el documento, estas entidades de caracteres son restituidas excepto si la codificación del documento es ISO-latin-1 y la entidad se corresponde con un carácter ISO-latin-1; en este caso, se utiliza el código ISO-latin-1 del carácter. Si la codificación del documento es ASCII, Amaya traduce los caracteres ISO-latin-1 no disponibles en entidades ASCII.
Los enlaces se presentan, normalmente, en azul (o subrayados en los monitores monocromos). Como Amaya es un editor, deberás hacer doble clic para activar un enlace. Un único clic sólo mueve el punto de inserción y presenta el URI del enlace en la barra de estado de la vista principal.
Este comportamiento puede cambiarse al igual que muchos otros parámetros usando el menú preferencias. Cambiando la opción "Doble clic activa enlaces" puedes navegar por los documentos con un solo clic. En ese caso no podrás poner el punto de inserción fácilmente dentro de las anclas: tendrás que usar el arrastre y/o las flechas para llevar el punto de inserción dentro del ancla. También es posible utilizar el teclado para activar los enlaces como en los controles de formulario. El comando de teclado por defecto es Alt-Enter pero el comando Ejecutar puede ser relacionado con un atajo diferente. El comando SiguienteEnlaceOElementodeFormulario, relacionado por defecto con el atajo Tab, te permite encontrar el siguiente (o el primer) enlace o elemento de formulario HTML en el documento. El comando EnlaceAnteriorOElementodeFormulario, relacionado por defecto con el atajo May-Tab, te permite encontrar el anterior (o el último) enlace o elemento de formulario HTML en el documento.
El documento obtenido con esta operación reemplaza al documento actual en la misma ventana, en el mismo modo (editor o navegador). Si el documento actual ha sido modificado y no ha sido guardado todavía, Amaya presenta un cuadro de diálogo que te pregunta si aceptas perder los cambios.
Un solo clic o un doble clic con el botón derecho del ratón (funciona sólo con el botón del medio en plataformas Windows) abre el documento enlazado en una nueva ventana.
Un autor puede asociar un atributo accesskey a un campo de
formulario, un área o a un enlace. Los siguientes elementos soportan el
accesskey: AREA, BUTTON, INPUT, LABEL, LEGEND, y TEXTAREA. Esto
puede ser crucial para personas con deficiencias motóricas pero hay otras
condiciones en las que puede ser necesario o útil.
Cuando el autor ha asociado un atributo accesskey a un enlace
en un documento (por ejemplo:
accesskey="n"oaccesskey="N"), el comando
Alt-accesskey (en el ejemplo Alt-a) activará ese enlace.
Presionando Alt- accesskey cuando ha sido asignado a un
elemento de formulario llevará el foco a ese elemento (el siguiente elemento
para LABEL y LEGEND).
Las teclas de acceso se superponen a los atajos de Amaya. Por ejemplo, en
las páginas de Ayuda se dice que la tecla de acceso "n" lleva a la página
siguiente, "p" para ir a la página anterior y "t" para la tabla de
contenidos. Si el usuario ha asignado un atajo Alt-p a un comando Amaya, ese
atajo no será accesible cuando se presenten esas páginas de ayuda. Por
defecto la tecla modificadora usada para teclas de acceso es Alt. El
menú de preferencias Especial/Preferencias/General permite
cambiar esta configuración por defecto. El usuario puede usar la tecla
Control en vez de Alt o puede decidir deshabilitar el manejador
de teclas de acceso.
Algunos trozos de texto pueden presentar un icono de diana 
.
Estos iconos no son parte del documento y pueden ser mostrados o escondidos
en la vista actual tan sólo controlando el estado de Mostrar destinos,
que es una opción del menú Vistas. El comando de teclado por defecto es
Control-v Control-t en Unix y Alt-v Alt-len Windows.
Estos iconos están asociados a elementos destino, por ejemplo,
elementos con un atributo ID, anclas destino, por
ejemplo, anclas con un atributo name. Identifican posibles
destinos de enlaces. Estos iconos pretenden hacer la creación de los enlaces
más fácil, como se puede reconocer rápidamente los posibles destinos de un
enlace, puedes crear enlaces rápidamente.
Se pueden abrir documentos locales o remotos de varias maneras:
Cuando el documento se ha especificado correctamente, haz clic en el botón Confirme. Este comando también puede usarse para crear un nuevo documento local.
Hay varias maneras de moverse atrás o adelante a través de la lista histórica:
y 
te permiten volver a la
página anterior o ir a la siguiente.Los documentos pueden ser recargados utilizando la opción Recargar
documento en el menú Archivo, el atajo
Alt-r en Unix y Control-r en Windows, o el
botón 
en la barra de
botones.
Amaya proporciona control a través del teclado para muchas funciones. En la documentación puede encontrarse información sobre los comandos de teclado por defecto. La sección de ayuda Configurando Amaya describe cómo cambiar las opciones por defecto, y en todos los menús junto a las opciones más relevantes aparece la combinación de teclas actual.
Para los usuarios de Emacs está disponible un fichero de configuración en
Amaya/config/amaya.emacs. El usuario puede crear un enlace desde
su propio espacio privado $HOME/.amaya/amaya.keyboard a este
fichero si quiere trabajar con los atajos de Emacs.
Algunas teclas están predefinidas, como:
entrada
(escribir texto o palabra clave) envía el correspondiente formulario.